O Centro Incubador de Empresas (CIE) acaba de disponibilizar quatro espaços. Gerida pela Acirp, a Incubadora existe há 12 anos e é mantida pela Prefeitura Municipal, por meio da Secretaria de Planejamento. Os parceiros atuantes, além da Acirp e Prefeitura, são também o SEBRAE, Fatec, Unesp, Famerp e Unirp. Em 2009, o CIE de São José do Rio Preto foi eleito o melhor do estado de São Paulo. Localizado no Distrito Industrial Waldemar de Oliveira Verdi, abriga hoje 20 pequenas empresas de base tecnológicas e de setores tradicionais de 13 segmentos distintos.